On je na početku ove sezone došao na pozajmicu u redove roso-nera za koje je odigrao 29 utakmica. Kolumbijskom odbrambenom fudbaleru ugovor sa Milanom ističe 30. juna 2016. godine. Pored Milana i Viljareala, Zapata je u karijeri igrao još za Udineze i Deportivo Kali.
Zapata je do sada za selekciju Kolumbije odigrao 16 utakmica, ali se nije upisao u strijelce.
