Sveti Arhijerejski Sabor Srpske pravoslavne crkve (SPC) na majskom zasjedanju 2001. godine osnovao je Eparhiju budimljansko-nikšićku sa sjedištem u manastiru Đurđevi Stupovi, u Beranama, i Joanikije je 2002. godine izabran za Episkopa budimljansko-nikšićkog.

“Episkop sije riječ Božiju, sabira i nadahnjuje narod, objedinjuje njegove sile, mora da ima inicijativu, određuje ciljeve koje treba postići i, što je veoma važno, treba da se trudi oko svega u slavu Božiju zajedno sa svojom pastvom”, kazao je preosvećeni vladika u intervjuu za portal IN4S 2016. godine, podsjeća serijal Ljudi Berana.

Na pitanje koliko se život u Crkvi, konkretno u toj Eparhiji promijenio od obnove, rekao je sledeće:

“Sve što je urađeno u obnovljenoj Eparhiji budimljansko-nikšićkoj od 2001. do danas rezultat je sabornog rada cijelog njenog sveštenstva, monaštva i blagočestivog naroda. Činio sam ono što sam bio dužan da činim, a u dosadašnjim plodovima rada vidim Božiju milost i narodni trud, žrtvu i ljubav. Gledali smo da držimo ravnotežu između, s jedne strane, gradnje novih i obnove starih hramova i crkvenih zdanja, i s druge, unapređenja duhovnog života, podmlađivanja sveštenstva i mnogobrojnih kulturnih aktivnosti. Bog je dao te je dosta pokrenuto u više pravaca ukupnog crkvenog života. Mogu slobodno reći, u odnosu na teške prilike urađeno je dosta, daće Bog i da se nastavi još bolje”.

Zamonašio se 1990. godine, bio rektor Cetinjske bogoslovije

Gospodin Joanikije Mićović je rođen 20. aprila 1959. godine u Velimlju (Banjani). Gimnaziju je završio u Nikšiću. Diplomirao je na Bogoslovskom fakultetu SPC u Beogradu 1990. godine i apsolvirao filosofiju na Filosofskom fakultetu u Beogradu.

Zamonašio se u manastiru Ćelija Piperska 30. oktobra 1990. godine. Rukopoložen je u čin jerođakona 7. februara 1991. godine, a u čin jeromonaha 17. februara 1991. godine, kada je i postavljen za v.d. nastojatelja manastira Savina. 1. septembra 1992. godine postavljen je za nastojatelja Cetinjskog manastira, nastavnika i glavnog vaspitača u novoobnovljenoj Cetinjskoj bogosloviji. Septembra 1995. godine unaprijeđen je u čin protosinđela i postavljen za v.d. rektora Cetinjske bogoslovije.

Patrijarh Pavle ga rukopoložio u čin episkopa

Za vikarnog episkopa Budimljanskog izabrao ga je Sveti arhijerejski Sabor na redovnom zasjedanju maja mjeseca 1999. godine. Hirotonisan je na Cetinju u čin episkopa od strane Patrijarha srpskog Gospodina Pavla, uz sasluženje Mitropolita Amfilohija i još 12 arhijereja, 3. juna 1999. godine.
Sveti Arhijerejski Sabor SPC na majskom zasjedanju 2001. godine osnovao je Eparhiju budimljansko-nikšićku sa sjedištem u Đurđevim Stupovima i za njenog administratora postavio je vikarnog Episkopa budimljanskog Gospodina Joanikija.

2002. izabran za Episkopa budimljansko – nikšićkog

Sveti Arhijerejski Sabor na majskom zasjedanju 2002. godine izabrao ga je za Episkopa budimljansko-nikšićkog, a ustoličenje je obavljeno 4. avgusta u manastiru Đurđevi Stupovi u kojem je bilo drevno sjedište Episkopije budimljanske osnovane Svetim Savom 1220. godine.

Od izbora za Episkopa budimljansko-nikšićkog Episkop Joanikije pokrenuo je u povjerenoj mu Eparhiji obnovu ranije porušenih i izgradnju novih crkava i manastira, više od 60 svetinja od kojih su većina već završene i osveštane. Sa obnovom svetinja započeo je i obnovu monaštva po opštežiteljnom ili skitskom ustavu. Pokrenuo je Eparhijski list „SVEVIĐE“ i izdavačku djelatnost u Eparhiji.

Član Svetog sinoda SPC u dva mandata

Do sada je bio član Svetog Arhijerejskog Sinoda Srpske Pravoslavne Crkve u dva mandata: od 2005. do 2007. godine i od 2012. do 2014. godine.
Studije i članke iz oblasti bogoslovlja, istorije Srpske Pravoslavne Crkve i književnosti objavljuje u crkvenim časopisima i građanskoj periodici. Povodom dvadesetogodišnjice njegove arhijerejske službe (1999-2019) izišla je iz štampe njegova knjiga „Svjetlost svijetli u tami“.