On je na tom mjestu naslijedio preminulog mitropolita Amfilohija koji je bio poglavar SPC u Crnoj Gori skoro 30 godina. 

Izbor mitropolita dolazi nakon burnih dešavanja na samom Saboru i oko njega. Danima se u brojnim medijima govorilo da je Joanikije izvjestan izbor, a li da se tome žestoko protivi episkop bački Irinej koji je veoma blizak vrhu vlasti u Srbiji. 

Prije dvije noći se u Beogradu pojavio i premijer Crne Gore Zdravko Krivokapić koji je kazao da dolazi da "prenese volju vjernog naroda" da za mitropolita bude izabran Joanikije.

Krivokapić je optužio sinoć u otvorenom pismu i lidera Nove srpske demokratije Andriju Mandića da je pokušao da opstruira izbor mitropolita i da izdejstvuje da se odloži do rekonstrukcije vlade.