U nacrtu u koji su "Vijesti" imale uvid nigdje se ne pominje pravoslavna crkva u Crnoj Gori, dok se samo u preambuli na dva mjesta pominje Srpska pravoslavna crkva u Crnoj Gori.

Za Vladu je sporna odredba da se država obaveže da u roku od godinu od potpisivanja ugovora pripremi zakon kojim bi se regulisalo pitanje povraćaja i obeštećenja dobara koja su nacionalizovana bez pravične naknade, pa predlažu brisanje roka.

U Vladu su mijenjali član kojim su precizirali da se imovina koja predstavlja kulturnu baštinu Crne Gore, samo može otuđiti pod uslovima propisanim zakonodavstvom Crne Gore.

U ugovoru se navodi da u slučaju vođenja krivičnog postupka ili istrage protiv crkvenih službenika, država prethodno mora o tome da obavijesti nadležnog arhijereja.

Temeljnim ugovorom se priznaje kontinuitet pravoslavne crkve i njeno ustrojstvo od osnivanje Zetske, Budimljanske i Humske episkopije 1219. godine.