Puno je kontroverzi vezano za istoriju i ustrojstvo Crnogorske pravoslavne crkve. Na pitanje da li je to isključivo politička, politikantska i-ili ideološka interpretacija istorijskih izvora Jovanović je naveo da kontroverze nijesu vezane za činjenice o autokefalnoj Crkvi Crne Gore, već za njihova tumačenja ili, preciznije, „tumačenja". 

„Autokefalnost neke crkve nije nešto što bi samo po sebi bilo nepoznato u Vaseljeni. Svega dvadesetak autokefalnih crkava je postojalo u istoriji pravoslavlja. Ako je tako, a jeste tako, moja početna teza je bila: diljem Vaseljene mora biti daleko više svjedočanstava o samostalnoj Hristovoj crkvi u Crnoj Gori od dosad poznatih. Hvala Bogu, teza se pokazala tačnom“, rekao je Jovanović za Pobjedu.

Na pitanja kako zaista stoje stvari sa episkopatom crnogorskim i da li je CPC imala samostalni izvor episkopske vlasti Jovanović je naveo da je još 1858. ruski autor, Apolon A. Majkov, ne bez empirijskih propusta, ali u osnovi tačno, pravi paralelu između cara Dušana Nemanjića i Gospodara Ivana Crnojevića. 

„On piše da „Ivan dužan bi učiniti za Crnu Goru isto što je učinio Dušan za Srbiju, učiniti da imau sebi sredinu zavjeru, da ima u sebi izvor svešteničke vlasti".Za vladavine Ivanove, Pećka patrijaršija nije postojala (ukinuta je 1459). Njena eparhijau Zeti, utemeljio je Sv. Sava, prethodno je sa Prevlake miholjske prenijela sjedište u Prečistu krajinsku i tada su „svetosavski" arhijereji priznali papu rimskog za poglavara i prihvatili uniju. Tako je ovdašnja „svetosavska" eparhija definitivno otpala od pravoslavlja. Ivanov otac, Veliki vojvoda Stefan i Zetski zbor, 1455. su u Manastiru Vranjina objavili da ne priznaju „latinske episkope iz Krajine" i da će njihov mitropolit, pišu, biti „slovenske vjere", dakle pravoslavne. Od 1458. do 1485. nema vijesti daje u slobodnoj Zeti/ . Crnoj Gori postojao bilo koji arhijerej, unijatski ili pravoslavni. Gospodar Ivan 4. januara 1485. na Cetinju, slijedeći zavjet svoga oca i drugih glavara, utemeljuje katedru potpuno nove, autokefalne Crkve“, rekao je Jovanović.

Ali, za razliku od Dušana, koji je navukao anatemu patrijarha carigradskog, Ivan je to uradio saglasno kanonima; konkretno, saglasno 17. kanonu IV Vaseljenskog sabora, da „razređenje crkvenih oblasti neka slijedi razređenju državnom i građanskom". 

„Ne manje važno je da Ivan to radi u „dogovoru sa preosvještenim ocima", prvim poglavarima te „crnojevićke" Crkve, pravoslavnim mitropolitom Visarionom i vikarnim episkopom Vavilom. Pritom, ne poziva se Ivan na bilo kakvu sukcesiju sa „svetosavskom" eparhijom to može svako od čitalaca provjeriti u njegovoj Povelji. Logično je, otuda, da nebrojeni naši drevni spisi crkveni svjedoče kako su se arhijereji crnogorski pozivali na „crnojevićku" tradiciju svoje Crkve. To sve govorim i iz razloga što je još u doba Ivana Crnojevića, ta rodonačelna katedra crnogorska na Cetinju, imala, dakle, dvojicu arhijereja“, pojasnio je on.

Jovanović je pojasnio i zašto je tema autokefalne Crkve, stožerne institucije borbe za očuvanje nezavisnosti Crne Gore, bila „ekskomunicirana" poslije II svjetskog rata, kada su obnavljane i utemeljene sve ključne institucije.

„Na nivou SFRJ su postojali strateški razlozi da se ustroji Makedonska pravoslavna crkva MPC zbog konfrontacije oko makedonskog pitanja sa Bugarskom, Grčkom, manjim dijelom i Albanijom, posljedično zbog Bugarske i Albanske pravoslavne crkve, koje su od 1941. do 1944. tamo imale svoje eparhije i parohije; teritorija Makedonije je prethodno stoljećima bila jurisdikcija grčke jerarhije, itd. Te „više" razloge je uvažavala i Beogradska patrijaršija, jer je SPC priznala 1959. autonomiju MPC; problemi su nastali kasnije, Makedonci su proglasili autokefalnost. German, tadašnji patrijarh srpski, zabrinuo se. U knjizi citiram dokument, German je rekao: „Ako se SPC saglasi sa autokefalnošću MPC, zašto ne bi u Crnoj Gori zatražili autokefalnost, kad je Crna Gora u prošlosti imala autokefalnu Crkvu". Crnogorski komunisti su znali o našoj autokefalnoj Crkvu isto što i German. Ali, Blažo Jovanović je saopštio: „Mi ne mislimo da postavljamo pitanje odvajanja Crkve u Crnoj Gori". German je potom kazao da je „i ranije u drugu Blaži gledao jednog zaista velikog državnika i mudrog narodnog vođu, ali ga je ovo, i njega i sve episkope, utvrdilo da je zaista veliki i čovek, i državnik i političar". Kada je 1960. na Cetinju SPC intronizovala mitropolita Danila Dajkovića, Izvršno vijeće NR Crne Gore je platilo svečanu ceremoniju i kupilo mu limuzinu...“, kazao je on.

Tek kad je Niš dobio univerzitet, a Vojvodina akademiju, ovdje su komunisti po inerciji iste osnovali. 

„Prethodno su, 1972. godine, ingeniozne i hrabre istraživače crnogorske istorije stavili na indeks zabranjenih autora. Spor sa SPC oko mauzoleja na Lovćenu je dimna zavjesna; srušili su Aleksandrovu crkvu, ali je i mauzolej koji su podgili komunisti prvobitni Aleksandrov projekat. Kao ateistima, odgovaralo je komunistima što je SPC u Crnoj Gori bila indiferentna prema činjenici da su istinski vjernici gotovo iščezli. SPC je ovdje i onda, danas još više, imala prioritete nespojive sa sotirološkom misijom izvorne Hristove Crkve“, ispričao je Jovanović.